相続した不動産の譲渡所得税｜取得費加算の特例と収益物件ならではの注意点

「売ったら税金はいくらかかるんだろう。」

1棟マンションや賃貸アパートを相続し、売却を考えはじめた方がまず感じる疑問ではないでしょうか。

ただ、相続した収益物件は、居住用の実家とは使える特例が異なります。

検索上位に出てくる解説記事の多くが居住用不動産を前提にしているため、1棟収益物件を相続した方がそのまま読んでも、自分のケースに当てはまらない内容が混じっていることがあります。

たとえば「空き家の3,000万円特別控除」は、賃貸中の収益物件には使えません。

また、長く賃貸してきた物件ほど建物の取得費が減価償却で目減りしており、売却時の課税対象が想定より大きくなることがあります。

収益物件の売却で特に押さえたい特例が「取得費加算の特例」です。

この特例には「相続税の申告期限の翌日から3年以内に売却する」という期限があります。

売却活動には数ヶ月かかるため、この期限の把握が準備の起点になります。

T-ESTATEは、名古屋エリアで収益物件・事業用不動産仲介に特化した専門会社です。

この記事は一般的な解説であり、税務の詳細は税理士にご相談ください。

相続した不動産を売るとかかる「譲渡所得税」ってなに？

相続した不動産の売却にかかる税金の仕組みは、居住用でも収益物件でも基本的に共通しています。

この記事では1棟の収益物件を中心に、「何に課税されるか」「税額を左右するのは何か」「相続に特有のルール」という順で確認します。

「譲渡所得税」は売却益にかかる所得税・住民税のこと

「不動産を売ったら必ず税金が取られる」とイメージしている方もいるかもしれませんが、課税されるのは「売却益（譲渡所得）が発生した場合のみ」です。

売って損が出た場合は、原則として課税されません。

「譲渡所得税」という名前の独立した税があるわけではなく、不動産の売却益にかかる「所得税（国税）」と「住民税（地方税）」の合計を「譲渡所得税（個人）」と呼んでいます。

税率は保有期間によって2種類に分かれます。

区分	判定（売った年の1月1日現在）	合計税率（目安）
長期譲渡所得	所有期間5年超	約20.315%（所得税15%＋住民税5%＋復興特別所得税0.315%）
短期譲渡所得	所有期間5年以下	約39.63%（所得税30%＋住民税9%＋復興特別所得税0.63%）

税金は「売却価格・取得費・保有期間」の3つで決まる

税額は次の式で計算します。

譲渡所得 ＝ 売却代金 −（取得費 ＋ 譲渡費用） 税額 ＝ 譲渡所得 × 税率

3つがそれぞれどう関係するかというと

取得費が不明な場合は「売却代金の5%」を使う概算ルールがあります。ただし救済措置なので、実際の取得費が高ければ書類を揃えて申告した方が有利です。

例：3,000万円で売却・取得費不明の場合、概算取得費150万円で課税対象は2,850万円。単純に計算すると税額は約579万円になります。

相続では3つのうち「取得費」に落とし穴が多く、書類の有無で税額が大きく変わります。亡くなった方の売買契約書・振込記録は早めに確認しておきましょう。

亡くなった方が買ったときの価格と日付で計算する

「自分が相続したのは1年前だから、所有期間が5年未満の短期になるのでは？」と感じる方もいるかもしれません。これはよくある誤解です。

相続で取得した不動産は、取得費も所有期間も「亡くなった方が購入したときの価格・日付」を引き継ぎます。

取得費・取得日の確認には、亡くなった方の売買契約書・登記済権利証・振込記録が手がかりになります。

書類が見当たらない場合は、司法書士・税理士に相談すると登記記録などから確認できることがあります。

取得費加算の特例：仕組み・条件・期限

相続した不動産を売却すると、相続税と譲渡所得税という2つの税が同じ財産にかかります。

この問題を緩和するために設けられたのが「取得費加算の特例」です。

ただし適用には期限があり、期限を過ぎると使えなくなります。

売却を検討しているなら、まずこの特例が使えるかどうかを早めに確認することが欠かせません。

払った相続税を取得費に加算すると課税対象が減る

「相続税を払ったのに、売却益にも税金がかかるの？」と感じる方も多いでしょう。同じ財産に2度の課税が生じる問題を緩和するのがこの特例です。

売却時の「取得費」に、支払った相続税の一部を上乗せできます。取得費が増えると課税対象（譲渡所得）が減り、税額も下がります。

加算できる金額の計算式

例：相続税額500万円・売却物件の評価額1,000万円・相続財産の合計評価額5,000万円 → 加算できるのは100万円。

この100万円が取得費に上乗せされる分、課税対象（譲渡所得）が100万円減り、長期の税率なら税額にして約20万円の差になります。

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注意点として、相続税を全額加算できるわけではなく、売却する物件の評価額が財産全体に占める割合分だけです。加算できる上限は特例適用前の譲渡益相当額までで、課税所得をマイナスにすることはできません。詳細は税理士にご確認ください。

使える条件：相続税を納め、相続で得た不動産を売る

「自分はこの特例を使えるのだろうか」と気になる方も多いと思います。

適用には以下の要件があります。

なお、空き家の3,000万円特別控除とは選択適用で、2つは同時に使えません。

ただし1棟の収益物件では空き家特例はそもそも適用外なので、この選択が問題になることは実質的にありません。

期限：相続税申告の翌日から3年以内（3年10ヶ月）

「亡くなってから3年以内に売ればいい」という理解では、実際の期限を誤ることがあります。

正確には「相続税の申告期限の翌日から3年以内に売却すること」が要件です。

3年の計算は、相続開始日（亡くなった日）でも相続登記の日でもなく、「相続税の申告期限の翌日」から始まります。

「3年10ヶ月」という目安は次のように計算します。

まず「相続税の申告期限がいつだったか」を確認することが大切です。

1日でも過ぎると特例は使えなくなります。

不動産の売却活動には3〜6ヶ月かかることが多いため、期限の半年以上前には動きはじめるのが理想です。

1棟収益物件を相続した場合の2つの注意点

1棟の収益物件（賃貸マンション・アパート・テナントビル等）を相続した場合、知っておきたいポイントが2つあります。

知らないまま準備を進めると、想定外の税金を払うことになりかねません。

空き家特例・居住用財産控除は賃貸中・事業用の物件には使えない

「空き家の3,000万円特別控除が使えるかもしれない」と期待している方もいるかもしれません。

結論から言うと、1棟の賃貸収益物件には使えません。

この控除の大前提は「亡くなった方が亡くなる直前まで実際に住んでいた家屋」であること。賃貸に出していたマンション・アパート・テナントビルは「住んでいた」わけではないため、対象外です。自分が住んでいた家を売る場合の「居住用財産の3,000万円控除」も、賃貸物件には使えません。

1棟の収益物件を相続した場合、使える主な税負担の軽減手段は「取得費加算の特例」になります。

T-ESTATEでは、収益物件を相続されたオーナーからの売却相談に対応しています。特例の適用可否については、専門の税理士との連携のもとでご確認いただくことをおすすめします。

賃貸を続けるほど建物取得費が減り、売却時の課税対象が大きくなる

「親が長年運用してきた物件だから取得費はちゃんとある」と思っていた方が、実際に計算すると「思ったより税金が高かった」と感じることがあります。

その原因が建物の減価償却です。収益物件の建物部分は保有期間中に毎年経費計上されるため、売却時の建物取得費は「購入代金 − 保有期間中の減価償却費の合計」になります。

長く賃貸してきた物件ほど、建物取得費が目減りして課税対象（譲渡所得）が大きくなります。

例えば、建物部分2,000万円の木造アパートを30年保有していた場合、売却時の建物取得費は取得価額の5%（約100万円）まで減少します。

注意が必要なのは、「減価償却費を経費計上していなかった」場合でも、規定上は差し引かれるという点です。賃貸として保有していた期間があれば、未計上分も含めて取得費は減少しているとみなされます。

建物取得費が減るほど課税対象が膨らむため、取得費加算の特例（払った相続税の一部を取得費に加算）の活用が特に重要になります。

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売却前に済ませておくこと：相続登記と確定申告の段取り

仕組みと特例を確認したら、実際の手続きの段取りも整理しておきましょう。

「売却前に済ませる相続登記」と「売却後に必要な確定申告」という順番を把握しておくことで、タイミングを逃さずに動けます。

特に取得費加算の特例は、確定申告をしないと適用されません。

ここでは前後を含めた流れを確認します。

名義変更（相続登記）は売る前に必須。2024年から義務化

「売ろうとしたら、名義がまだ亡くなった方のままだった」というケースは少なくありません。

不動産の売却には所有権の名義変更（相続登記）が前提になるため、相続登記を済ませてから売却活動に入る必要があります。

令和6年（2024年）4月1日より、相続登記の申請が義務化されました。

相続でどの不動産を取得したかを知った日から3年以内に登記申請が必要です。

令和6年4月以前に発生した相続で未登記のものも対象で、令和9年（2027年）3月31日が経過措置の期限です。

正当な理由なく期限内に登記しなかった場合、10万円以下の過料の対象になります。

収益物件の相続登記も手続き自体は同じで、①相続人の確定→②遺産分割協議（誰が不動産を取得するか決める）→③法務局への登記申請という流れになります。

手続きは司法書士への依頼が一般的で、費用・期間は権利関係の複雑さや相続人の数によって異なります。

確定申告を忘れると、特例が使えなくなる

取得費加算の特例などを適用するには、確定申告が必須です。

申告を忘れると、特例が自動的に適用されることはなく、本来より多い税額のまま確定してしまいます。

申告時期は、不動産を売却した翌年の2月16日〜3月15日です。

取得費加算の特例を適用する場合に必要な主な書類は以下のとおりです。

なお、売却で損が出た場合も、確定申告によって給与などほかの所得と損を相殺できる場合があります（5年超保有した物件の売却損の場合等）。

損が出たからといって申告しなくていいとは限らないため、注意が必要です。

T-ESTATEでは、収益物件の売却に関する相談について、税理士・司法書士と連携した形でサポートしています。

手続きに不安がある場合は、まずお気軽にご相談ください。

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まとめ：相続した収益物件を売るなら、まず特例の期限を確認する

相続した1棟収益物件を売却するにあたり、「取得費加算の特例が使えるか」「期限はいつまでか」の確認が、出発点になります。

収益物件の相続売却では、「被相続人の取得時期を引き継ぐルール」「空き家特例が使えないこと」「建物取得費が減価償却分だけ目減りしていること」など、居住用不動産とは異なるポイントがいくつかあります。

これらを踏まえると、動き出すタイミングや準備する書類の輪郭が見えてきます。

「自分に取得費加算の特例が使えるのか」「期限の計算はどこから始まるのか」といった疑問は、相続税を担当した税理士に確認するのが確実です。

売却を具体的に検討しはじめた段階では、仲介会社への相談も判断の材料になります。

T-ESTATEは、名古屋エリアで収益物件・事業用不動産仲介に特化した専門会社です。

相続した1棟収益物件の売却相談に対応しており、税理士との連携を含めた段取りをご相談いただけます。

相続した収益物件の売却について、ご状況をお聞かせください。